material_MCP — 精简的 MCP 服务复现仓库

本仓库从 flux（MatterGen + DEMO 进化层）中只抽取与 MCP 服务相关的那一层，剥离 MatterGen 训练 / DEMO 进化优化 / JACS / knowledge_base 等无关代码，提供一个干净、可独立复现的 MCP 服务仓库。

仓库内容

material_MCP/
├── README.md                         本文件
├── .gitignore
├── .claude/skills/deploy-mcp-service 复现/部署 MCP 服务的 skill（runbook + 参考）
├── Dockerfile.mcp-git                git-pull 构建镜像（GIT_REPO 完全参数化）
├── mcp_servers/
│   ├── bootstrap_paths.py            平铺导入路径引导（server.py 依赖）
│   ├── alignn_predict_server/        ALIGNN 性质预测 MCP（自包含，无 MatterSim/JACS）
│   └── mattergen_generate_server/    MatterGen 结构生成 MCP（异步：submit + poll）
└── docker/
    ├── update-alignn-mcp.sh              构建 + 启动 alignn-predict-mcp 容器
    ├── update-mattergen-generate-mcp.sh  启动 mattergen-generate-mcp 容器（复用现成镜像）
    ├── manage-mcp.sh                     已部署 MCP 容器的生命周期/健康总览
    └── git-build-secret.sh               私有仓库 BuildKit 凭据 helper

ALIGNN MCP（`mcp_servers/alignn_predict_server/`）

轻量独立的 ALIGNN 性质预测服务：CIF 输入 → 直接喂 ALIGNN（不做 MatterSim 弛豫），返回若干标量性质。只依赖 alignn / jarvis / dgl / torch / pymatgen，与重流水线 flux_predict_server（弛豫 + ALIGNN/CHGNet/JACS）解耦。

传输：FastMCP 原生 HTTP（streamable-http），MCP 端点 /mcp
工具：predict_alignn_properties（无需 Header）
模型注册表（10 个单标量 ALIGNN 模型）：formation_energy, bandgap, dielectric, ehull, bulk_modulus, shear_modulus, exfoliation_energy, slme, supercon_tc, magmom
失败语义：{value: null, error: "..."}（不使用 999/-1 哨兵）；推理用进程锁串行化

详见 mcp_servers/alignn_predict_server/README.md。

本地运行

cd mcp_servers/alignn_predict_server
pip install -r requirements.txt          # mcp / pydantic / requests（alignn 等已在镜像/环境内）
python server.py                          # 监听 0.0.0.0:8000，MCP: http://localhost:8000/mcp
# 本机 stdio 调试：
python stdio_mcp.py

部署到团队集群（容器 + nginx 公网暴露）

完整流程见 skill：.claude/skills/deploy-mcp-service/SKILL.md。一键脚本：

# 1) 设置私有仓库凭据（首次 push material_MCP 到远程后）
export GIT_USERNAME=你的用户名
export GIT_PASSWORD=你的密码或Token
# 可选：覆盖默认远程 / 分支
export GIT_REPO=https://gitlink.org.cn/somunslotus/material_MCP.git
export GIT_BRANCH=main

# 2) 构建镜像并启动容器（对外 9125）
bash docker/update-alignn-mcp.sh

# 3) nginx 暴露（在 192.168.60.11 上加 /mcp/alignn/ 路由）—— 见 skill Step 4
#    公网 MCP 地址：http://218.77.58.19:22222/mcp/alignn/mcp

skill 内含：拓扑与端口占用（references/topology.md）、docker run 模板（docker-run.md）、 MCP 握手验证（mcp-verify.md）、nginx 路由与公网验证（nginx-and-verify.md）。

与 flux 仓库的差异

只保留 ALIGNN MCP 一个自包含服务；flux_predict_server / evolution_mcp_server 依赖 MatterGen + DEMO core，仍留在 flux 仓库，作为 skill 里提到的模板。
Dockerfile.mcp-git 把 GIT_REPO 改为完全参数化（原版在带凭据 URL 里硬编码了 flux.git），默认指向本仓库。
其余文件（skill、alignn server、bootstrap_paths、git-build-secret）与 flux 一致。