Science-Agent-Examples

从看懂一个例子，到亲手完成一次科研 AI 实践。

有了一个研究想法，怎样让 AI 帮你做一次计算？这里从蛋白质案例出发，带你准备材料、写清任务，让助手调用模型生成序列和结构，最后找到结果文件，比较发生了什么变化。

这是面向生物、化学、环境、材料等方向初学者的科研 AI 入门示例库。不熟悉编程、还没学过相关专业课，也可以先看案例，再按教程动手。

能帮科研的哪几步？

科研智能体（Science Agent）是能读文件、调用工具的 AI 助手。它协助执行，你来确定任务、判断结果。案例带你练习三个环节：

你可能卡在哪里	跟着案例完成什么
有想法，不知道怎么交代给 AI	写清任务：说明对象、输入和要求，得到一份任务计划
要用几个模型，不知道怎样接起来	调用工具：让助手依次操作，保存序列、结构和运行记录
AI 说“成功了”，不知道能不能信	核对结果：查文件、比较对照，写出有依据的结果说明

当前从蛋白质案例入手。其他学科也可以借鉴这里的方法：把问题说清楚、让工具按顺序计算、用原始记录检查结果。模型预测不等于实验验证。

先选一个感兴趣的案例

两个案例独立选择，先看问题和结果图，不用安装软件。序列是氨基酸的排列，结构是蛋白质的空间形状，骨架是其中的主链部分。

案例	你会体验什么	完成后得到什么
A：改序列，再比较结构	从已有结构设计新序列，与原序列作对照	两条候选、三组预测结构和一张对照表
B：从新骨架开始设计	生成骨架 → 设计序列 → 预测结构，检查工具间的文件交接	一个新骨架、两条候选和两份预测结构

第一次做，可以先从案例 A 练习对照比较。

展开看两个案例的参考结果

交互式 3D 实测录屏

案例 A　案例 A 的 3D 实测录屏展示了 TSLP（蓝色）和 CRLF2（橙色）的预测结构。可切换原序列对照和两条候选，也可以旋转、缩放或单独显示一条链。

案例 B　案例 B 的 3D 实测录屏展示了蓝色丝带结构。可在 RFdiffusion3 生成的起始骨架与两条 Boltz-2 候选预测之间切换，并旋转和缩放。

2D 结构对照图

两张静态图都用紫色表示设计目标链。线条表示主链走向，各组分别居中，未做结构叠合。分数是 Boltz-2 的预测置信度。

案例 A　从左到右是原序列对照、候选 1 和候选 2。青色表示序列固定的 CRLF2 受体链。

案例 B　从左到右是起始骨架、候选 1 和候选 2。只有候选预测带有置信度。

按这条路线学习

选好案例后，按下面三步动手。教程使用 OpenDDE-Harness 助手：你在自己电脑上交代任务、查看结果，科学模型在云端计算。

1. 让助手能对话，写清科研任务。按01—03 三篇教程准备账号、装好助手，再明确这次要比较什么、怎样检查结果。本地入门以 Windows + VS Code 为例，使用内置 PowerShell 终端；Mac / Linux 按对应的 Bash 说明操作。
2. 准备文件，连接模型。按计算前的准备检查案例文件、补齐工具说明。已有可用服务就直接连接，需要自己安装时再看部署步骤。
3. 执行案例并检查结果。准备完成后，从案例 A或案例 B的第 1 步确认本轮文件，核对模型服务后再让助手计算，最后检查并解释结果。

接入方式与当前可用的操作步骤统一见连接科学模型服务。已经装好助手或准备好服务的读者，检查后跳过相应步骤。

遇到问题，去哪里找？

• 概念不熟：读科研智能体入门了解分工，遇到陌生词再查术语表。
• 操作卡住：到常见问题按报错查处理方法。
• 想继续探索或改进教程：从参考资料选择进阶练习，也可按参与贡献反馈卡住的步骤、补充案例。

这里帮助你通过小案例完成第一次实践；想跟随实战营系统学习，可继续看 Science-Agent-Lab 的课程与配套教程。

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