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qiimer

The qiimer package provides R functions to read QIIME output files and create figures.

Types of files covered:

  • “Classic” format OTU tables
  • Distance matrices
  • Metadata mapping files
  • OTU mapping files (OTU ID to sequence ID)
  • Rarefied alpha diversity tables

Also included: convenience functions for BLAST tables, distance matrix objects, and biom-format OTU tables imported via the biom library.

关于

用于处理和分析微生物组学数据,特别是16S rRNA测序数据

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