clipper 是一个 Bioconductor/R 包，用于基于通路拓扑结构开展基因集分析。该工具采用两步经验方法，结合图分解理论构建 junction tree，并从通路拓扑中识别与特定表型最相关的信号路径，从而实现对显著通路及其关键子路径的分析。