OneDep 与 Globus 源码调研

保存公开源码的固定版本快照、相关依赖与研究索引，为 PDBc 的提交、审校、文件管理和可靠传输功能研究提供参考。

目录	内容
`onedep/`	wwPDB / OneDep 仓库源码
`globus/`	Globus 公开 SDK、工具、示例与历史项目
`dependencies/`	mmCIF、GCT 等相关依赖；递归子模块已保存实际文件
`python_packages/`	已解包的 Python 源码，便于直接阅读
`source_archives/`	268 份 Python 源码包与两个完整 TAR 快照
`docs/`	调研报告、源码目录、实现逻辑与边界说明
`inventory/`	上游地址、固定提交、文件哈希、版本和许可记录
`analysis/`	操作映射、工作流提取、关键代码定位与采集核验
`references/`	已保存的公开参考材料及来源
`tools/`	本项目编写的采集、分析、报告与核验工具

阅读入口

本目录现在也是本地开发工作副本，修改这里的文件即可使用 git diff、git commit、git push 管理。原来的 week3/sources/ 展开副本已合并到本仓库；正式组会材料在 PDBc 外层的“汇报材料”，不随本仓库推送。首次重新克隆后运行 python tools/configure_worktree.py，恢复保留完整文件字节的本地 Git 设置。

保存范围与获取

本快照包括 148 个上游仓库保存单元（146 个源码工作树、2 个 TAR）、已取得的递归子模块，以及 268 个去重后的 Python 源码发行包。原始仓库保持独立来源记录；这里是研究快照，不包含其完整 Git 历史，也不是完整 OneDep / Globus 生产部署。

本归档采用普通 Git 保存完整文件，不依赖 GitLink 的 LFS 服务。未取得的组件见实现边界文档；三个仅登记网址的数据样例不计入已下载源码。

来源与许可

各项目及文件保留其上游作者、许可证与声明，见具体目录和 inventory。此仓库的收集提交不改变第三方著作权，也不为全部内容指定统一许可证。源码公开可见不等于所有项目采用相同许可。